Я думаю, что вы можете заставить msysgit и репо работать с некоторыми изменениями,
В частности, я думаю, что есть преимущество в использовании Cygwin. Кажется, что он имеет превосходную обработку чувствительных к регистру имен файлов. Это может быть неактуально для основной базы кода Android, но я точно знаю, что это необходимо для ядра Linux.