В моем случае (Юнона) я должен был сделать это:
find $WORKSPACE_DIR/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects \
-name .indexes -exec rm -fr {} \;
Это добилось цели.
Первоначально я думал, что это проблема с Mylyn (эти зависания произошли после того, как я начал использовать его универсальный веб-соединитель), но проблема появилась даже после удаления соединителя и даже удаления каталогов .mylyn.
Редактировать: мне также удалось перезапустить затмение, удалив только один файл:
rm $WORKSPACE_DIR/.metadata/.plugins/org.eclipse.e4.workbench/workbench.xmi
Это работало нормально, без каких-либо индексов. Только рабочий стол, который лично мне не так уж и страшен.