Если я вас понимаю, вы сможете сделать что-то вроде:
$('input:checkbox').eq(i).removeAttr('checked');
Чтобы установить его, вы должны использовать:
$('input:checkbox').eq(i).attr('checked','checked');
Обратите внимание, что начальный селектор получит все флажки на странице. Если вам нужно ограничить его только подмножеством флажков на странице, настройте начальный селектор - в зависимости от контейнера или схемы именования флажков - для работы только с соответствующими флажками. Я также предполагаю, что вы используете индексирование с нуля для рассматриваемого флажка.