Я думаю, что вам нужно изменить оператор выбора так, чтобы часть MATCH AGAINST была перемещена из предложения order в список полей.
например,
вместо
SELECT *
FROM mytable
WHERE match(text,phone,phone2) AGAINST ('something')
ORDER BY match(text,phone,phone2) AGAINST ('something');
у вас будет
SELECT mytable.*, match(text,phone,phone2) AGAINST ('something') AS relevanceScore
FROM mytable
WHERE match(text,phone,phone2) AGAINST ('something')
ORDER BY relevanceScore DESC;
Итак, больше по вашему случаю ваш выбор будет выглядеть примерно как
$select->from('tableName',array('*','relevenceScore'=>$db->quoteInto('MATCH(text,phone,phone2,email,email2,www,gadi,augums,skype) AGAINST(?)',$searching_string));
$select->where('MATCH(text,phone,phone2,email,email2,www,gadi,augums,skype) AGAINST(?)',$searching_string);
$select->order('relevanceScore DESC');