На ваш смутный вопрос я предлагаю смутный ответ:
Похоже, ваш вариант один возможен. Вам нужно будет отправить полученное событие клика (сообщение) в соответствующее окно (под вашим). Я подозреваю, что вам придется DllImport некоторые вещи, чтобы сделать это с C #.
Ваш второй вариант, хотя и более сложный, возможно, также возможен, потому что вы можете внедрить код в другие выполняемые исполняемые файлы. Это будет привилегированная операция, и вам, скорее всего, снова придется использовать вещи из не .NET-библиотек, чтобы сделать это из c #. См. Три способа внедрения кода в другой процесс в CodeProject.