К сожалению, нет такой простой вещи, как «trasnparent window» - у althougmodern менеджеров widnow есть различные средства управления непрозрачностью для окон, которые просто влияют на окна в целом - и вообще не интегрируются с работающей программой"внутри" окна.Для некоторых из них может даже существовать способ вызова функций для явной установки уровня непрозрачности данного окна, но я не думаю, что это будет возможно для всех из них.
Тем не менее,можно получить захват «корневого» окна и нарисовать прямо на экране - в обход оконного менеджера.Для этого есть API, по крайней мере, в Windows и Linux (вы должны упомянуть, в какой операционной системе вам нужна эта работа), но это будет совсем не тривиальная исследовательская работа, поскольку это не то, что ожидается от «приложения с хорошим поведением»."- для которых наборы инструментов GUI написаны и задокументированы.Вам нужно будет написать xlib-код в Linux и напрямую вызывать API-интерфейсы win32 для Windows - оба варианта возможны из Python - насколько это возможно, недостаточно документировано.
И как только вы начнете рисовать прямоугольник, так как вы обходитеоконный менеджер, вам нужно будет позаботиться о каждой низкоуровневой детали вашего приложения: обработке событий мыши, перерисовке экрана (и уведомлении системы рисования, вступающей в силу над другими окнами) и т. д.