Прежде всего, убедитесь, что вы работаете с последней версией Java 6. Если вы используете Sun Java, то обновление 10 изменило много вещей, и в следующих выпусках все еще исправлялись мелкие вещи.
Во-вторых, проверьте с помощью JBoss, что ваша версия совместима с Java 6.
Если этого недостаточно, вам придется рассматривать различия как ошибки и выяснять это один за другим. По крайней мере, вы можете запустить два сеанса параллельно - один с Java 6 и один с Java 5 - чтобы вы могли видеть, каково поведение ожидаемое .