Вам нужно будет использовать события GA.
На вашей всплывающей странице: (не проверено)
<script>
window.opener.pageTracker._trackPageview(window.location.href);
</script>
и полностью удалить существующий код отслеживания из всплывающего окна.*
примечание: я не уверен, будет ли это отображаться как «вход».но это может стоить того.