Просто отделите части приложения, относящиеся к Windows, от частей, которые не являются специфическими.Точно так же отделите части, которые не являются специфичными для сети, от остальных.Поместите эти части, не относящиеся к какой-либо конкретной технологии, в один или несколько общих проектов библиотеки классов.
Подсказка: эти общие проекты библиотеки классов следует создавать без ссылок на System.Windows.Forms или System.Web.В противном случае они могут быть недостаточно общими.