Вы не проверяете файл PHP в W3C Validator. Валидатор проверяет разметку (X) HTML, вывод ваших страниц PHP .
Если ваш PHP-проект размещен в сети, просто укажите URL для валидатора.
Если ваш PHP-проект размещен локально, вам придется сохранить вывод в текстовый файл и загрузить его в валидатор. Для этого в браузере откройте меню «Файл» и выберите «Сохранить страницу как» ... (или нажмите CTRL + S ).
Кроме того, для вашего браузера доступны различные плагины-валидаторы. Вот некоторые для Firefox и Chrome .