Ваше описание проблемы немного сложное, откровенно говоря. Но, похоже, вам нужно отрицать один из ваших кватернионов.
Помните, что каждое вращение на самом деле может быть представлено двумя кватернионами, q и -q. Но путь Slerp от q до w будет отличаться от пути от (-q) до w: один уйдет на большое расстояние, другой - на короткое. Звучит так, будто вы проделываете долгий путь, когда хотите короткого пути.
Попробуйте взять скалярное произведение двух ваших кватернионов (то есть четырехточечное скалярное произведение), и, если скалярное произведение отрицательно, перед выполнением Slerp замените кватерионы q1 и q2 на -q1 и q2.