Просто используйте strace , чтобы проверить, какой из этих файлов успешно открыт:
$ strace -f -e open java ... 2>&1 | grep fontconfig
[pid 3321] open("/usr/java/jdk1.7.0_55/jre/lib/fontconfig.RedHat.6.bfc", O_RDONLY|O_LARGEFILE) = 115
Если это не говорит вам, какой файл он использует, скорее всего, он используетвместо всей системы fonctconfig.Вы получите вывод, начинающийся следующим образом:
[pid 3259] open("/usr/java/jdk1.7.0_55/jre/lib/i386/xawt/libfontconfig.so.1", O_RDONLY) = -1 ENOENT (No such file or directory)
[pid 3259] open("/usr/java/jdk1.7.0_55/jre/lib/i386/xawt/../libfontconfig.so.1", O_RDONLY) = -1 ENOENT (No such file or directory)
[pid 3259] open("/usr/java/jdk1.7.0_55/bin/../lib/i386/jli/libfontconfig.so.1", O_RDONLY) = -1 ENOENT (No such file or directory)
[pid 3259] open("/usr/lib/libfontconfig.so.1", O_RDONLY) = 116