Есть ли разница между экспортом файла jar с помощью параметров JAR и файла архива в eclipse?
Я сохраняю правильную структуру папок для jar-файла (структуры пакетов) во время экспорта через опцию Архивный файл, и мне не нужен какой-либо файл манифеста.
С помощью jar eclipse сгладит ваш проект, поэтому, если у вас есть несколько исходных папок, все они появятся в верхнем каталоге jar. Архив сохранит структуру вашего проекта такой, какая она есть.