В конечном итоге мне удалось решить эту проблему, переключив цель развертывания iPhone OS на другую версию (например, 3.1), собрав ее, затем переключив обратно на 3.0 и собрав снова. Каким-то образом это заставило XCode вести себя так, как описано в документации. Я действительно не знаю, почему это решило проблему, но это произошло. Возможно, это решило какую-то коррупцию где-то внутри .xcodeproj.