Я не знаю, существует ли какой-либо механизм, например, доксиген, встроенный в mathematica. Если вы хотите встроить блокнот с документацией в ваш пакет, я буду действовать следующим образом
- Записать тетрадь с документацией
- Вставить блокнот как строку символов в ваш пакет
- Напишите функцию помощи, которая при вызове создает файл, записывает записную книжку и использует манипуляции с интерфейсом для ее открытия
Возможно, вы сможете пропустить создание внешней записной книжки, используя Записная книжка [] вместо строки символов для хранения записной книжки с документами в файле пакета.
Интеграция с собственной справочной системой Mathematica немного сложнее (как объясняет приведенная вами ссылка). Конечно, при загрузке пакета вы все равно можете написать и переместить соответствующие файлы на место.