Вы не можете сделать это с помощью WSH MsgBox, используя только VBS.
InputBox
- единственная встроенная диалоговая функция, которая позволяет вам установить позицию.
Вы можете использовать WshShell.Popup
и заставить его исчезнуть через несколько секунд, однако он будет отцентрирован.
Edit; здесь что-то с использованием IE.