Не уверен, что вы можете иметь потерянные окна msgbox, у вас все равно должен быть cscript.exe или wscript.exe в списке запущенных процессов. Следующее должно завершить основной процесс и закрыть ваши msgboxes:
strComputer = "."
strProcessToKill = "wscript.exe"
SET objWMIService = GETOBJECT("winmgmts:" _
& "{impersonationLevel=impersonate}!\\" _
& strComputer & "\root\cimv2")
SET colProcess = objWMIService.ExecQuery _
("Select * from Win32_Process Where Name = '" & strProcessToKill & "'")
FOR EACH objProcess in colProcess
objProcess.Terminate()
NEXT
Очевидно, измените wscript.exe. в cscript.exe, если это то, что вы используете.