Вы можете написать сценарий, который использует find для поиска файлов на основе имени или других критериев и file для определения, имеют ли они одинаковый тип содержимого (то есть один сжатый, другой нет).
Чтобы я был более конкретным, мне нужно, чтобы вы дали более подробную информацию о том, являются ли они параллельными структурами каталогов (файлы и каталоги появляются в тех же местах в двух деревьях) и имеют ли файлы, которые вы ищете, имена, которые различают их из файлов, которые вы хотите игнорировать. Любая дополнительная информация, которую вы можете предоставить, может помочь еще больше.