скрипт Python для надежного усреднения по множеству массивов данных микрочипов

Question

Я попробовал Google без удачи. Я видел некоторые слабые ссылки на надежное усреднение по нескольким массивам, выполненное на python, но без кода. Я не очень заинтересован в изобретении колеса. Любые предложения по модулю Python, скрипт ....

Если бы я мог найти хорошее объяснение или пример алгоритма, я бы написал реализацию на python для совместного использования.

Если вы не уверены, о чем я говорю, вы можете посмотреть на это, хотя это не определение. http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/toolbox/bioinfo/ref/gcrma.html

Answer 1

Несмотря на то, что этот вопрос задавался более шести лет назад, когда я недавно задавал себе тот же вопрос, я все еще не мог найти хорошую реализацию RMA на Python. Поэтому я провел кучу исследований по методологии и сам написал:

• GitHub: https://github.com/flo-compbio/pyaffy

Я также написал об этом статью, в которой есть некоторые технические детали:

pyAffy: эффективная реализация Python / Cython метода RMA для обработки необработанных данных из микрочипов выражений Affymetrix

Answer 2

Вы можете рассмотреть возможность использования интерфейса Python для R, в котором есть пакеты gcrma. RPy - это модуль, который позволяет вам использовать все R модули, установленные в вашей системе. Биокондуктор имеет модуль gcrma для R. Я не смог найти какие-либо модули для Python, которые делают это.

Answer 3

Я биолог, работаю в области геномики и участвовал в 5-6 проектах по созданию микрочипов. Я также довольно свободно говорю на Python и могу неплохо справляться с R.

Python - отличный язык, но на данный момент я не знаю ни одного модуля, который бы легко соответствовал вашему запросу. R, с другой стороны, предлагает большую гамму пакетов для анализа микрочипов.

Учитывая, что анализ данных на микрочипах обусловлен медицинским использованием стандартных микросхем / технологий, биологические исследования должны были использовать специально разработанные (в основном R) пакеты для целей анализа. К сожалению, я считаю, что эта ситуация оставила не очень интересную нишу для анализа данных микрочипов в более полноценных языках программирования, которые не так ценятся толпой студентов-исследователей.

Надеюсь, вы найдете альтернативу Python, в этом случае, пожалуйста, дайте нам знать!

Приветствия