Вы должны комментировать, используя Doxygen, используя комментарии типа ##! , верно? Я не думаю, что Doxygen поддерживает подобные комментарии, но вы можете попытаться изменить Doxygen таким образом, чтобы принимать такие комментарии, затем вы можете документировать, используя обычные команды Doxygen @ var , @ cond и т. д.
Изменение может быть трудным, но вы можете попробовать изменить этот файл commentcnv.l (начиная с @line 319). Может быть, вы можете отправить письмо с помощью списка рассылки для разработчиков проекта.