Примечание. Этот ответ обычно не так хорош, но он решил проблему ОП.
Все ли файлы заканчиваются на _file.xxx или _fileN.xxx?
По сути, вы хотите изменить только префикс имен файлов?
Если я правильно понимаю вашу проблему, и что файл без номера является последним в file_list.txt следующее должно сделать трюк
COUNTER=0
for FILE in `ls *.xxx | sort`; do
COUNTER=$(($COUNTER+1))
echo Moving $FILE to `sed -n ${COUNTER}p file_list.txt`
#mv "${FILE}" `sed -n ${COUNTER}p file_list.txt`
done<br>
Комментарий в строке с mv
, если вы хотите, чтобы фактическое движение произошло.