cron (8) использует sh (1) для выполнения команд. Среда, которую видит sh (1), может быть не той, которую вы видите интерактивно. Если да, то вы можете улучшить файлы профиля, чтобы получить ту же среду, или cron (8) выполнить команду, которая получает правильную среду (например, "bash -l -c '...').