Не используйте управляемую #pragma - это считается "злом" и может вызвать проблемы с инициализацией / отключением DLL.
Я бы рекомендовал явно компилировать некоторые файлы как управляемые (/ clr), а некоторые как собственные (без / clr). Вы также можете иметь два предварительно скомпилированных заголовка - один для управляемого, другой для собственного.