Попробуйте либо удалить любую встроенную версию инструментов в файлах msbuild (и csproj), либо установить для них значение ToolsVersion = "4.0".
Читайте: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb383796.aspx для лучшего понимания значения атрибута.
Поскольку вы хотите настроить таргетинг на 3.5, убедитесь, что у вас правильно установлена целевая версия платформы, проверив наличие TargetFrameworkVersion в вашем csproj.
<TargetFrameworkVersion>v3.5</TargetFrameworkVersion>
Если вы установите ToolsVersion на 4.0, любая машина, которая хочет построить проект, будет зависеть от платформы 4.0 (которая имеет встроенную версию 4.0), даже если вы нацелены на 3.5.
Если вы нацелены на 3.5, и ваши проекты VS2008, нет необходимости использовать msbuild 4.0 поверх msbuild 3.5 (они могут существовать мирно рядом). Простое решение - просто использовать 3.5 msbuild.