Я не знаю, что VS "знает", как он работает. Я был бы удивлен, если бы не было чего-то, что помечает, запускается ли это из командной строки или нет, однако у нас может не быть к этому никакого доступа.
Возможно, это можно решить с помощью конфигурации сборки. При сборке из командной строки задайте для параметра конфигурации сборки значение, которое исключает шаг регистрации COM. Я думаю, что вы должны быть в состоянии написать в пакетную сборку тестов для соответствующей конфигурации сборки (я почти уверен, что VS имеет значение макроса сборки для текущей конфигурации сборки) и соответствующим образом ветвиться в логике. Конечно, это означает, что каждый разработчик должен знать об этом. Хотя вы можете создать пакетный файл в проекте для выполнения этих сборок, который включает необходимые параметры сборки / значения.
Мне интересно, каков ваш сценарий, когда один разработчик создает одно и то же приложение двумя различными способами одновременно.