Да. Два могут сосуществовать довольно хорошо. Просто вставьте страницы своего веб-сайта, и они будут динамически компилироваться. Ничто в проектах веб-приложений не отключает эту функцию или что-либо еще. Вы также можете поместить код в папку app_code, и он также будет динамически компилироваться.
Управление этим в визуальной студии может представлять некоторые трудности. Лучше всего, если страницы вашего веб-сайта не зависят от кода из проекта веб-приложения, - это полностью отделить эти проекты в Visual Studio. При развертывании на реальном веб-сервере просто разверните их оба в одном месте. Будьте осторожны с общими файлами (например, web.config).
Кстати, существует очень длинное обсуждение по этой теме в разделе комментариев статьи, которую я опубликовал некоторое время назад. Я думаю, что вы могли бы найти это полезным, так как в какой-то момент дискуссия подробно описала смешанные проекты.