Ваша жизнь, вероятно, будет намного проще, если вы используете проекты веб-приложений, но вы можете использовать проекты веб-сайтов.По крайней мере, вы можете использовать cspack из командной строки и указать его в любом каталоге.Вы также можете использовать атрибут PhysicalDirectory в ServiceDefinition.csdef, чтобы указать на произвольный каталог.Этот каталог может быть проектом вашего веб-сайта.
Я не уверен, есть ли в Visual Studio более эффективные способы использовать проект веб-сайта в качестве веб-роли.