PHPMyadmin имеет тенденцию иметь проблемы при выполнении длинных запросов. Если не удалось выполнить ремонт таблицы с конкретным сообщением об ошибке, пожалуйста, опубликуйте его. Если он просто зависает, попробуйте выполнить восстановление с помощью версии командной строки mysql, он находится в каталоге bin вашей установки mysql.
mysql -u username -p
mysql> use dbname;
mysql> repair table tablename;
в зависимости от размера таблицы, это может занять некоторое время.
Если это не сработает, следующим шагом будет использование myisamchk, если в вашей таблице используется механизм MyISAM.