В общем, если вы используете только те вещи, которые поддерживаются в моно, вы можете разрабатывать их с помощью Visual Studio, однако вы также должны часто тестировать в моно. И не только моно для Windows, но и моно на целевой ОС. Вы можете сделать это из Visual Studio путем удаленной отладки на целевой ОС, используя моно надстройки для Visual Studio.
Сказав, что MonoDevelop действительно становится очень хорошим, я не вижу причин, чтобы вообще не пропускать Visual Studio и разрабатывать с использованием MonoDevelop в целевой ОС. Таким образом, вам не придется беспокоиться о различиях.