Я бы предложил вам использовать запись в реестре.
Вызовите CustomAction в WIX, чтобы проверить запись в реестре.Проверка может быть такой простой, как если бы ... иначе
IF (Regitry_A != null && Registry_B != null)
{
//Choose program A
}
ELSE IF (Regitry_A != null)
{
//Choose Program A
}
ELSE
{
//Choose Program B
}