Проблема, которую вы описали, была исправлена в .NET 2.0, поэтому вам больше не нужно об этом беспокоиться.
Однако имейте в виду, что если вы поместите сборку со строгим именем в папку bin
и сборка с таким же строгим именем существует в GAC, тогда сборка в GAC будет загружена.