Я не могу сказать вам, что вызывает это. Способ, которым работает оконный разделитель, - через свойство Docking. Там не должно быть необходимости блокировать элементы управления. Все элементы управления в форме должны быть закреплены. (Включая сплиттер)
Например, если вы хотите разделить по вертикали, ваша первая панель закреплена слева. Затем сплиттер (ориентация установлена на вертикаль) также закрепляется влево. Вторая панель закреплена для заполнения. Ширина первой панели (которая закреплена слева) будет определять местоположение разделителя. Это не должно измениться сейчас.
Z-порядок важен для макета. Если вы хотите получить более подробное представление о том, как элементы управления накладываются на форму, откройте схему документа. Это перечислит элементы управления в дереве, и вы увидите, где они находятся в z-порядке.