На самом деле, прямо сейчас, что вы можете сделать, это использовать подстановку строк там, а затем установить ее в интерпретаторе, который вы используете (В окне> настройки> pydev> интерпретатор - python> переменные подстановки строк) - таким образом, вы можетеиметь разные переменные для интерпретатора ... что IMO лучше, чем иметь его глобально.
Хорошим примером этого было бы иметь интерпретатор, скомпилированный для 64 бит, а другой для 32 и мог бы по-разному настроить pythonpath для проектав зависимости от используемого интерпретатора, поэтому вы можете скомпилировать dll для 64 в одной папке и для 32 в другой.