Если вы получаете только исходный пакет, в нем может отсутствовать патч, включенный в формулу, а не точно исходный файл, который вы используете в данный момент. Чтобы получить исходное дерево с примененным патчем, вы можете сделать:
brew unpack --patch <formula>
со страницы руководства:
unpack [--git|--patch] [--destdir=path] formulae
Unpack the source files for formulae into subdirectories of the
current working directory. If --destdir=path is given, the sub-
directories will be created in the directory named by <path>
instead.
If --patch is passed, patches for formulae will be applied to
the unpacked source.
If --git is passed, a Git repository will be initalized in the
unpacked source. This is useful for creating patches for the
software.