Первое, что я сделал для решения этой проблемы, это удалил "overflow: hidden;" из первой строки файла colorbox.css. Это позволило отобразить все видео, но вместо центрирования левый край видео проходил вдоль вертикальной середины страницы.
Затем я применил отрицательное левое поле, равное половине ширины видео, используя условный комментарий IE6. Это было легко, поскольку я отображал встроенный контент, но ваши результаты могут отличаться, если вы загружаете через iFrame или каким-либо другим способом. Вы также можете отказаться от поддержки ерунды IE6, и тогда у вас даже не возникнет этой проблемы!