Вы сами строили IronPython? Подписание - это своего рода PITA, и вам нужно предоставить свой полный ключ, чтобы получить настоящую подпись. Мы включаем открытый ключ MS в дистрибутив, но его можно использовать только для отсрочки подписания. У нас действительно включена отложенная подпись в сборке, которая может привести к задержке подписанной сборки, даже если вы используете полный ключ (я не уверен, что компиляторы делают здесь).
Вероятно, вы можете полностью подписать сборку, используя sn или эквивалент Mono. Вы также можете отключить проверку перед установкой в GAC с помощью sn (это то, что мы делаем, когда разрабатываем IronPython).