Да. В настоящее время я использую MS Chart Control в пользовательских элементах управления (.ascx) в моем приложении.
Я подозреваю, что вам нужно будет отладить свою страницу + элемент управления, чтобы точно понять, почему он не работает должным образом.
Но я уверяю вас, что нет никаких внутренних проблем с наличием элемента управления диаграммой в пользовательском элементе управления.