Чтобы проверить, установлены ли .Net 3.5 и sql express, вы можете проверить, зарегистрированы ли они в реестре.
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\NET Framework Setup\NDP\v3.5
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\MSSQLServer\MSSQLServer\CurrentVersion - CurrentVersion
Но вы не можете проверить это с помощью вашей скомпилированной сборки 3.5, поэтому вам нужноДля этого нужно приложение, отличное от dotnet, например, программа установки.
Либо вам нужно создать средство запуска в чем-то вроде c ++, либо вы можете создать средство запуска сценария vb, которое проверяет предварительные условия перед запуском приложения .net.