Из того, что я понял, Джейк (эквивалент Rake для Javascript) основан на Rhino.
Значит ли это, что я не могу использовать его с Node.js?
Есть даже пакет npm; https://www.npmjs.com/package/jake .Jake и nodejs - отличное сочетание для автоматизации.
На самом деле, Джейк (https://github.com/mde/jake) предназначен для работы, особенно с nodejs. У вас не должно возникнуть проблем с его запуском.