Это зависит от того, какие протоколы поддерживает Java STS для запроса токенов.
В принципе, если ваша Java STS реализует протоколы запросов токенов из общедоступных стандартов WS-Trust и WS-Federation и выпускает токены SAML 1.1 или SAML 2.0, C # RP с использованием WIF должен иметь возможность взаимодействовать с ним.
Однако, если ваша STS зависит от какого-то другого протокола запроса, такого как SAML 2.0p, то в настоящее время WIF не поддерживает это напрямую. Однако я полагаю, что ADFS делает это, и поэтому вполне может быть решение, использующее ADFS в качестве промежуточного STS, интегрирующегося с вашим STS на основе Java.