В качестве альтернативы вы можете взглянуть на некоторые из различных языков для выполнения программирования на GPU общего назначения (GPGPU), такие как CUDA от NVIDIA или Stream SDK от ATI. Однако, в зависимости от того, что вы выберете, вы можете ограничиться одним графическим процессором одной марки. Причиной использования этих языков будет работа на уровне абстракции, который ближе к обычному высокоуровневому программированию, чем работа с шейдерами.
У меня нет опыта в том, что вы хотите сделать, поэтому я не могу сказать, действительно ли шейдеры лучше подходят для этой работы, но это то, что вы можете рассмотреть. Надо сказать, что дизайн алгоритма все же несколько отличается от обычного кода, и для его освоения требуется некоторое усилие (я работал только с CUDA, но все они, похоже, используют похожие абстракции).
Полагаю, что если у вас есть приличный опыт работы с шейдерами, вам не стоит тратить время на изучение новой платформы.