Новая строка в регулярных выражениях emacs вводится C-q C-j, поэтому просто добавьте группу, содержащую. и C-q C-j в ваше регулярное выражение. Поскольку я использую regexp-tool для их создания, мой не полностью указан как ваш, но я надеюсь, что изменения очевидны.
\("\{3\}\(.\|
C-Qc-J \)+"\{3\}\)
Извините, я не могу отформатировать его лучше, stackoverflow не согласен со мной.
Также он, вероятно, будет отображаться как новая строка в emacs.