Нет, потому что версия 1.1 фреймворка должна нормально работать в CLR Runtime, поставляемой с 2.0. Если вы не делаете что-то странное, ваше приложение работает только в одном AppDomain, который, вероятно, 2.0, поэтому все в этом AppDomain должно работать на 2.0, включая ваши библиотеки 1.1.
.NET 3.5 Framework является расширением 2.0. Поэтому, когда я говорю, 2.0, 3.0 и 3.5 включены в это.
Так что у вас все в порядке с точки зрения времени выполнения. Не зная больше о библиотеках, вы могли бы использовать устаревшие API, которые были улучшены в новой среде, но это единственное место, где у вас могут возникнуть проблемы