У меня была такая же проблема, и это было из-за проблем с правами на RVM.
Пользователь, который запускает веб-сервер, не может проверить, доступен ли гем GIT.Как «пассажир», использующий веб-пользователя для запуска, он не может выполнить эту проверку.
Решение, которое я нашел, заключалось в добавлении веб-пользователя в группу rvm:
usermod -a -G rvm apache
Я надеюсь, что это будетпомогите другим людям, которые не хотят развертывать GEM в "vendor / bundle".