Вам следует использовать класс DenseHistogram, если вы хотите использовать EmguCV.
Я покажу вам основное использование:
// Create a grayscale image
Image<Gray, Byte> img = new Image<Gray, byte>(400, 400);
// Fill image with random values
img.SetRandUniform(new MCvScalar(), new MCvScalar(255));
// Create and initialize histogram
DenseHistogram hist = new DenseHistogram(256, new RangeF(0.0f, 255.0f));
// Histogram Computing
hist.Calculate<Byte>(new Image<Gray, byte>[] { img }, true, null);
В классе DenseHistogram есть много других распространенных методов, таких как обратная проекция