Существует команда hg forget , которая удалит файлы из-под контроля версий, но не удаляя их из вашей рабочей копии. Файлы будут удаляться из всех остальных рабочих копий при извлечении набора изменений и обновлении.
Возможно, вы также захотите добавить файлы в ваш файл .hgignore, чтобы вы знали, что они не имеют версий.