Я столкнулся с той же проблемой. Компилятор всегда выбирает сборку инструментария silverlight из
C: \ Program Files (x86) \ Microsoft SDK \ Windows Phone \ v7.1 \ Toolkit \ Aug11
независимо от того, что у меня установлена более новая версия инструментария:
C: \ Program Files (x86) \ Microsoft SDK \ Windows Phone \ v7.1 \ Toolkit \ Oct11
или даже если я явно задаю путь ссылки из VS IDE. Я решил проблему, изменив мой .csproj с помощью HintPath
<Reference Include="Microsoft.Phone.Controls.Toolkit, Version=7.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=b772ad94eb9ca604,processorArchitecture=MSIL" >
<HintPath>C:\WP_Development\WindowsPhoneToolkit\Source and Samples\Bin\Debug\Microsoft.Phone.Controls.Toolkit.dll</HintPath>
</Reference>
Это работает, но я до сих пор не могу понять, почему VS полностью игнорирует определенный пользователем путь, если путь задан из среды IDE Visual Studio.