Вы должны настроить поддомен так, чтобы он правильно отвечал на запросы DNS. Вы можете разрешить субдомен на том же сервере.
Правила перезаписи обрабатываются в том порядке, в котором они указаны в вашем файле конфигурации, и вы можете добавить [L] в конец правила, чтобы указать, следует ли остановить обработку или продолжить применение других правил.
Используйте RewriteCond для сопоставления с именем хоста (следующее RewriteRule соответствует, только если встречен RewriteCond:
RewriteCond %{HTTP_HOST} subdomain.domain.com
RewriteRule ^/(.*) http://domain.com/?page=subdomain&$1 [L]