Вы можете использовать теги подавления в сгенерированных файлах:
//! @cond Doxygen_Suppress
code
//! @endcond
Там вам не нужен "Doxygen_Suppress", но для ясности он мне нравится.
Есть и другие варианты в doxygen FAQ
EDIT:
Хорошо, я должен был проявить должную осмотрительность, у меня есть ответ, который больше подходит для вашей ситуации. Я считаю, что вам нужно полностью исключить файлы. Добавьте это к вашему файлу doxygen:
# The EXCLUDE tag can be used to specify files and/or directories that should
# excluded from the INPUT source files. This way you can easily exclude a
# subdirectory from a directory tree whose root is specified with the INPUT tag.
EXCLUDE = abc.cpp \
abc.h
Ирония в том, что у меня была эта проблема, и я решил ее, а потом забыл все об этом ... Мозг снова должен быть заполнен.
Я извлек эту информацию со страницы конфигурации doxygen , но если вы ленивы, как я, просто воспользуйтесь инструментом графического интерфейса (doxywizard), пройдите и выберите все, что вы хотите, и сохраните доксифайл для вас.