Если я правильно вас понимаю, вы сможете остановить задержку / анимацию, если наведите элемент?
Использовать clearQueue()
для этого
$(document).ready(function() {
if(cookieIsPresent) {
$("#notification").hover(function() {
$(this).stop(true, true).clearQueue(); // You might not need to use clearQueue() but test it out
}, function() {
$(this).delay(2000).slideUp("slow");
}).slideDown("slow").delay(2000).slideUp("slow");
}
});